Представляємо вам чарівну безхребетну істоту, яка проживає в будинку з ананаса і потрапляє в купу приємних і неприємних історій - Губка Боб Квадратні Штани. На цей раз шукач пригод виявиться на суші, що для нього велика рідкість. Покине герой підводне царство не просто так, а з метою знайти вкрадений рецепт, який був викрадений невідомими. На суші герой мультфільму «Губка Боб в 3D» знайомиться з дивними мешканцями: забавною солодкою ватою, генієм з п'ятьма головами, а також із загадковим і злим нальотчиком на морські судна Бургер-бородою.
Негідникові потрібна таємнича книга рецептів, в яку можна внести своє найпотаємніше бажання, і воно незабаром має неодмінно збутися. Книга належала високоповажного Краббсу, а на одній з її сторінок знаходиться особливий рецепт його відомих печених пиріжків. Спочатку нальотчикові вдається вкрасти збірки таких цінних записів, і бідоласі Краббсу доводиться розповісти відвідувачам кулінарного закладу, що їх улюбленої страви більше немає в асортименті. Бікіні Ботте загрожує небезпека, анархія і хаос по всьому місту, потрібно терміново щось робити. Тому наш герой, його друг Патрік та інші відчувають себе героями і з відвагою виходять на поверхню, щоб повернути артефакт на місце. З цього моменту весь підводний світ залежить від дружній компанії.