Новий 6 сезон починається з чергових неприємностей - агентом Фоксом Малдером цікавиться спеціальна комісія, що складається з членів керівництва ФБР. Предметом їх інтересу є не тільки сам герой, але і те, що він робив в Антарктиді. Все це призводить до того, що відділ «Секретні матеріали» виявляється закритим для Малдера і його напарниці.
Разом них розподіл сюди отримали інші агенти, що означає, що можливості дізнатися правду про інопланетян і їх ролі в нашій цивілізації у героїв більше не буде. Але вони вирішують піти проти наказу - парочка відправляється до Арізони, щоб знайти там втікача інопланетянина. Якщо їх місія завершиться успіхом, то у них знову з'явиться шанс працювати в агентстві, тому права на помилку у героїв немає. І це стане початком впізнавання Малдером і Скаллі тієї самої таємниці, за якої вони так довго ганялися - напарники дізнаються, що прибульці не просто існують серед землян, а й готуються підкорити всю планету своєї влади ... Чи зможуть наші герої захистити людство від інопланетного вторгнення ?